Xperia A4 SO-04GのUSB端子/SDカード挿入口の防水カバー（防水キャップ）は、Xperia Z3 Compact SO-02Gと同様にドコモショップに部品があれば修理してもらえます。
部品がある限りなので無くなったら修理してもらえませんが、その場合には互換部品がネットで販売されているのでそれを利用してみてください。
ログを見ていたらXperia Z3 Compact SO-02Gの後継機種Xperia A4 SO-04GのUSB端子/SDカード挿入口カバーを探している人が流れてきていたので書いておきます。